О духовном величии Покровской обители свидетельствовало величие и благолепие ее храмов. Около 1509 года монастырь посетил великий князь московский Василий III. Он сделал сюда дорогие вклады, а в 1510 году начал в монастыре большое каменное строительство. К 1515 году были выстроены надвратная церковь в честь Благовещения Пресвятой Богородицы и колокольня с храмом Происхождения Древ Креста Господня.
Каменное строительство продолжалось в монастыре и в середине XVI века. При игумении Василисе была выстроена теплая Зачатьевская церковь. Грамотой от 6 ноября 1551 года царь Иван Грозный освободил Покровскую обитель от пошлины за провоз камня для ее постройки. Старинное монастырское предание говорит, что игумения Василиса предрекла Грозному победу, когда царь в 1552 году шел через Суздаль походом на Казань.
В праздник Покрова Пресвятой Богородицы Казань была взята. По возвра-щении своем государь вложил в Покровскую обитель чудотворный образ Богоматери Одигитрии, богато украшенный драгоценными камнями, золотом и жемчугом Внимание царственных особ к Покровскому монастырю выража-лось не только в строительстве здесь каменных церквей, жаловании богатых даров и вотчин, но и в неоднократных посещениях ими этой обители. Известно, что в 1563 году на богомолье сюда приезжала супруга Ивана Грозного царица Мария, а в следующем году и сам государь с царицей и наследником приезжали в монастырь на престольный праздник. В 1682 году в праздник Иверской иконы Богоматери обитель посетили царь Федор Алексеевич Романов и царевны Софья, будущая правительница России, Мария и Феодосия, старинные источники сообщают о приезде в тот год и государя Ивана Алексеевича.
При нашествии поляков Покровский монастырь чудом уцелел от разорения. Это было в 1609 году. Монастырское предание рассказывает, когда предводитель польского отряда пан Лисовский, разграбив Суздаль, направился к Покровской обители, он был остановлен грозным явлением преподобной Софии. Явившись дерзкому завоевателю в схиме и с горящей свечой в руках, она «нача его жещи и палити, и в том часе он пан впаде в недуг велий, и рука правая отъяся у него, и от того видения он ужасеся, и отъиде от монастыря, сказывая товарищам о чудесах, и клятву наложи на себя города Суздаля с обители не разорять и отъиде во своя». Но через два года город вновь был разорен врагами, сильно пострадал тогда и Покровский монастырь. Однако особое внимание царей к этой обители, где находилась усыпальница их именитых родственниц, способствовало скорому ее восстановлению.
В 1610 году после насильственного низведения с престола царя Василия Шуйского Покровский монастырь стал местом жизни его супруги царицы Екатерины, в Суздаль она приехала с малолетней дочерью царевной Анастасией. В первой половине XVII века в Покровской обители жили и по кончине были погребены еще несколько представительниц боярского рода Шуйских, в том числе и мать царя Василия Шуйского княгиня инокиня Марфа. С северной стороны Покровского собора складывается их родовая усыпальница.

Усыпальница именитых постриженниц Покровского монастыря

Одна из страниц истории монастыря связана с многолетним пребыванием в его стенах супруги Петра I царицы Евдокии Федоровны Лопухиной, в иночестве Елены. Государыня приехала в Покровскую обитель в 1698 году, с западной стороны Благовещенской церкви для нее были выстроены особые покои. Набожная царица ежедневно ходила к богослужениям, любила читать жития святых, благотворила нищим, делала щедрые вклады в монастыри. Напротив Святых врат обители в 1712 году она выстроила зимний храм святителя Николая Чудотворца с приделом в честь преподобного Алексия, человека Божия, небесного покровителя ее сына-наследника царевича Алексея.

Царица Евдокия Лопухина, в монашестве Елена.
Старинный портрет

В 1718 году на Евдокию Лопухину пало подозрение о соучастии в заговоре сына против великодержавного отца. Царь сам тогда направился в Суздаль, желая исследовать дело. «На рассвете Петр въехал в Покровскую обитель, – пишет историк М.И. Семевский, – все засуетилось, забегало, все оробело. Государь прямо бросился к брусчатым кельям царицы, застал на крылечке и в сенях разных богомольцев и богомолок, повелел водрузить колы да виселицы…». По распоряжению Петра Евдокия Федоровна была отправлена в Старо-Ладожский Успенский монастырь, где под страхом смертной казни с ней запрещено было кому-либо разговаривать. Игумения Покровского монастыря Марфа, казначея Мариамна, монахиня Капитолина и несколько других монахинь были невинно осуждены и казнены на Красной площади в Москве в марте 1718 года. С воцарением Екатерины I Евдокию Лопухину заточили в Шлиссельбургскую крепость. Когда же русский трон занял внук Евдокии Федоровны император Петр II, она была освобождена и поселилась в Москве в Новодевичьем монастыре. Прожив здесь четыре года, царица-инокиня преставилась и была погребена в Смоленском соборе обители.
Перед кончиной последние слова ее были: «Бог дал мне познать истинную цену величия и счастья земного».
Во время правления Екатерины II в России начались реформы по секуляризации монастырских земель и переходе их в пользу государства. Повсеместно все монастыри были разделены на три класса с выделением определенных сумм на их содержание. Указом императрицы Покровская обитель в Суздале благодаря своему положению и исторической значимости вошла в число первоклассных.
В 1913 году в связи с празднованием 300-летия династии Романовых Покровскую обитель посетил император Николай II. Особое внимание государя было уделено монастырской ризнице, хранившей вклады
именитых особ.

Император Николай II с великими княжнами
в Покровской обители. 16 мая 1913 года

Иконостас Покровского собора